1. Melaksanakan kegiatan cegah dan tangkal penyakit potensial wabah, new emerging dan re-emerging disease di bandara dan pelabuhan.

2. Meningkatkan kualitas dan kuantitas surveilans epidemiologi dan kekarantinaan kesehatan sesuai dengan perundangan yang berlaku dan perkembangan kesehatan dunia.

3. Meningkatkan kualitas dan aksesibilitas pelayanan kesehatan, respons kegawat daruratan dan sistem rujukan serta mengikuti perkembangan IPTEK dalam pelayanan kepada masyarakat.

4. Mewujudkan lingkungan bandara dan pelabuhan yang sehat dengan pengendalian resiko lingkungan sesuai peraturan/perundangan yang berlaku.

5. Mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik menuju “Good Governance”.